但是，用人单位的自主权并非无限制的。劳动法规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。如果用人单位制定的迟到罚款或扣工资制度违反了法律法规的规定，或者在执行过程中存在不当之处，就可能构成违法。
具体来说，用人单位在制定迟到罚款或扣工资制度时，必须遵循合法、合理、公正、公开等原则。制度内容应当明确、具体，不能含糊不清或存在歧义。同时，制度应当经过民主程序制定，并告知劳动者，以确保劳动者的知情权和参与权。此外，用人单位在执行制度时应当依法依规，不能滥用权力或违反程序规定。
在实际操作中，一些企业或组织为了加强管理，会在员工手册中明确规定迟到罚款或扣工资的相关条款。这种情况下，用人单位应当在制定员工手册时充分征求劳动者的意见和建议，确保制度的合理性和合法性。同时，用人单位也应当在员工入职时向其告知相关制度，并让劳动者签署确认书。
综上所述，迟到扣工资是否合法主要取决于用人单位制定的制度和执行情况是否符合法律法规和劳动法的规定。如果制度和执行过程中存在违法或不当之处，用人单位可能会面临法律风险和劳动者维权的挑战。因此，用人单位应当在制定和执行迟到罚款或扣工资制度时充分考虑劳动者的合法权益，遵循合法、合理、公正、公开等原则，确保制度的合法性和有效性。
